MySQLでバッファリングされていないクエリ を使用しているようです 。
その場合、バッファリングをオンにするか、ハングしているように見える前のクエリの実行を中断する必要がありますか？
$query->close()のようなもの
編集：
$queryの場合 StatementInterfaceのインスタンスです 、次にgetResource()があります mysqli_stmtを返します close()を呼び出すことができます
その上で。
EDIT2 :(最終的な解決策を組み込むため）
PDOを使用している場合は、PDOStatementを取得できます。 closeCursor()を呼び出します