mysql_insert_idを信頼できますか？

はい、できます。

この関数はセッションごとですが、最後のクエリに対してのみ有効です。

つまり、あるユーザーが別のユーザーのlast_insert_idを「汚染」することはありませんが、2回前の挿入からinsert_idを回復することはできません。行に複数の挿入を行う必要があり、後でまでIDが必要ない場合は、それらを変数として設定します。

INSERT INTO ...
SET @foo_id = LAST_INSERT_ID();
INSERT INTO ...
SET @bar_id = LAST_INSERT_ID();
INSERT INTO some_join_table VALUES (@foo_id, @bar_id);