BQクエリの出力を変数に割り当てる

--quietを追加するだけです フラグを立て（ジョブの実行中はステータスの更新を無視します）、それをawkにパイプします ：

query1="bq query --quiet --format=csv 'SELECT COUNT(1) as Count FROM [dataset.tablename] WHERE _PARTITIONTIME = TIMESTAMP(\"$date\")' | awk '{if(NR>1)print}'"