1つの列のみがページに表示されているときに3つのテーブルの列を更新する方法

更新の対象とならない列は更新しないでください。たとえば、従来のメッセージが選択された場合、この列のみを更新します。ここではおそらく別のクエリを使用します。

foreach ($_POST['patientid'] as $index => $patientid) {
    $id = mysql_real_escape_string($_POST['id'][$index]);
    $data1 = mysql_real_escape_string($patientid);
    $data2 = mysql_real_escape_string($_POST['traditionalmessage'][$index]);
    $data3 = mysql_real_escape_string($_POST['simplifiedmessage'][$index]);
    $data4 = mysql_real_escape_string($_POST['engmessage'][$index]);

    if ($data2 != null && $data2 != '') {
        mysql_query("UPDATE table SET patientid ='$data1',
          traditionalmessage='$data2' WHERE id=$id")   or die(mysql_error());
    }
    else if ($data3 != null && $data3 != '') {
        mysql_query("UPDATE table SET patientid ='$data1',
          simplifiedmessage='$data3' WHERE id=$id")   or die(mysql_error());
    }
    else if ($data4 != null && $data4 != '') {
        mysql_query("UPDATE table SET patientid ='$data1',
          engmessage='$data4' WHERE id=$id")   or die(mysql_error());
    }
}

MySQL用の非常に古くて非推奨のPHPAPIを使用していると思います。手始めに、プリペアドステートメントを使用することで多くのメリットが得られます。