$ .load()は非同期リクエストを実行します。つまり、関数はデータが到着するのを待たずに戻ります。したがって、$("table").tablesorter();
ほとんどの場合、テーブルがドキュメントに追加される前に実行されます。同期呼び出しにするか、(さらに良いことに)完全なイベントをロードするためのハンドラーを渡します。
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$("#container").load(
"table.php?randval="+Math.random(),
null,
function (responseText, textStatus, req) {
$("table").tablesorter();
}
);
});
</script>