RMySQL、R、およびMySQLを使用してデータベースに接続する

問題が解決しました。あるディレクトリにファイルを作成し、そのファイルに次のように記述します。

[client]
password=yourpass
username=yourusername
...
ssl-ca=yourcertspath

次に、ファイル名をdbConnectのdefault.fileパラメータに渡します。