phpmyadminからmysqlクエリを実行すると、変更されたレコードは1つだけです。 sshを試しましたが、同じ問題

SELECTクエリにGROUPBY句がありません。おそらくあなたが意味するのは：

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name