これは「時期尚早の最適化」のカテゴリーに入ると思います。
オーバーヘッドはどのくらい重要ですか？あなたはそれを測定しましたか？サーバーのパフォーマンスにまったく影響しますか？
確率はそうではありません。
プラス面としては、セキュリティの面で紛れもない利益があります（これはインターネットベースのショップにとって大きな懸念事項です）。
欠点としては、パフォーマンスに影響を与える可能性があるというリスクがあります。あなたが提供したリンクでは、PDOの準備が適切に実装されていないと、状況によっては準備されていないステートメントよりもパフォーマンスがわずかに低下することを示しています。 5000回の実行でのパフォーマンスの違いは0.298秒です。
取るに足らない。 「準備されていない」クエリがなしで実行されることに気付いた場合はさらにそうです ライブ環境で安全にするために必要な入力サニタイズルーチン。準備されたクエリを使用しない場合は、SQL攻撃を防ぐために何らかの形式の入力サニタイズが必要であり、その実行方法によっては、結果セットをマッサージする必要がある場合があります。
結論として、重大なパフォーマンスの問題はありませんが、重大なセキュリティ上の利点があります。したがって、プリペアドステートメントを使用することの公式推奨。
あなたの質問では、あなたは「一般的なeショップ」について話します。 「一般的なeショップ」には、パフォーマンスの問題があれば、それを心配するのに十分なトラフィックがありません。反対側のセキュリティの問題...