CSVをどのようにインポートするかはわかりませんが、スクリプト(php / perl)を記述して各ファイルを読み取り、タイムスタンプを秒に切り上げるかトリミングして、データベースでINSERTステートメントを実行する方法があります。
のようなもの
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
コマンドラインからこれを実行すると、ジョブが実行されます