あなたがやろうとしているのは自己関連付けなので、hasManyを1回呼び出すだけで、ジャンクションテーブルが作成されます
User.hasMany(User, { as: 'Contacts', joinTableName: 'userHasContacts'})
これにより、userHasContactsテーブルが次のように作成されます。
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `userHasContacts` (`userId` INTEGER , `ContactsId` INTEGER , `createdAt` DATETIME NOT NULL, `updatedAt` DATETIME NOT NULL, PRIMARY KEY (`userId`,`ContactsId`)) ENGINE=InnoDB;
ユーザーとその連絡先を見つけるには、次のようにします。
User.find({ where: ..., include: [{model: User, as: 'Contacts'}]})