UNIONmysqlは奇妙な番号の結果を出します

おそらくこれはあなたが望むことをするでしょう：

SELECT alid, max(ts) as ts
FROM ((SELECT AL.alID, AL.al_date AS ts FROM AL)
      UNION ALL
      (SELECT MRA.mraNR, MRA.add_date FROM MRA)
      UNION ALL
      (SELECT AMG.mraNR, AMG.lastupd FROM AMG)
     ) t
GROUP BY alID
ORDER BY ts DESC
LIMIT 20;

3つのテーブルのいずれかで最新の値を持つ20の異なるIDを返します。