MySQL EntityFramework6でコンソールアプリを実行しようとしたときにConfigurationErrorExceptionが発生しました

スタックトレースから、構成ファイルのDbProviderFactory要素の1つにある「name」属性について不平を言っているように見えます。 remove要素に名前を指定する必要はなく、不変です。削除してみてください。動作が開始されます。