ログに問題はありません。
ライブmysqliインスタンスはライブmysql接続があることを意味するわけではありません 。 PDOとは異なり、mysql接続を閉じることはできますが、mysqliオブジェクトは問題ありません。したがって、エラーメッセージには次のように表示されます。
mysqli_report(MYSQLI_REPORT_ERROR | MYSQLI_REPORT_STRICT);
$conn = new mysqli('localhost','root','','test');
$conn->query("SELECT 1");
$conn->close();
var_dump(get_class($conn));
$conn->query("SELECT 1");
期待される出力が得られます：
コードが接続を閉じている場所を見つけて修正する必要があります。