INSERT INTO SELECTステートメントを使用せずにテーブルにインポートするためにこのプログラムを実装するにはどうすればよいですか？

IN内にconcept-id-selectingクエリを含めることができます（含める必要があります）。 条項：

INSERT INTO snomedinfo_data (refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                             languagecode, typeid, term, caseSignificanceid) 
    SELECT refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                    languagecode, typeid, term, caseSignificanceid 
           FROM snomed_descriptiondata 
           WHERE active = 1 AND conceptid IN 
               (SELECT cd.id FROM snomed_conceptdata cd WHERE cd.active = 1)

このようにして、JDBCドライバーで同じデータを行ごとに（つまり、低速で）処理するよりも桁違いに高速な1つのステートメントですべてを実行できるはずです。