ドキュメント から :
InnoDBテーブルの場合、OPTIMIZETABLEはALTERTABLEにマップされます。これにより、テーブルが再構築され、インデックス統計が更新され、クラスター化インデックスの未使用スペースが解放されます。 MySQL 5.1.27以降、これは、次に示すように、InnoDBテーブルで実行するとOPTIMIZETABLEの出力に表示されます。
mysql> OPTIMIZE TABLE foo;
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| Table | Op | Msg_type | Msg_text
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| test.foo | optimize | note | Table does not support optimize, doing recreate + analyze ...
| test.foo | optimize | status | OK
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
--skip-newまたは--safe-modeオプションを指定してmysqldを起動することにより、OPTIMIZETABLEを他のストレージエンジンで機能させることができます。この場合、OPTIMIZETABLEはALTERTABLEにマップされます。