MySQL5.6はeditlineで構築されています readlineの代わりにライブラリ MySQLの以前のリリースで使用されていたライブラリ。そのため、デフォルトのキーバインディングは、以前とは少し異なる場合があります。
Ctrl + Rは、デフォルトでem-inc-search-prevにバインドされている必要があります。私の環境では問題なく動作します。
参照： Bug＃60465 MySQL-5.5 readline（編集）-CTRL-Rは動作しません
また、MySQLのバージョンがバグ＃49967の組み込みlibeditの影響を受けないことを確認してください。 Linuxで.editrcを読まない
現在の編集行のキーバインディングを確認する場合は、この行を$ HOME/.editrcの最後に一時的に追加します。
bind
次に、mysqlを開始します クライアント。現在認識されているキーバインディングのフルセットが出力されます。