insert into $table values (1, a, b), (2, c, d), (3, e, f);
これにより、3行の挿入が実行されます。必要に応じて続行し、100,000に到達します。 ETL作業を行うときは、その方法で最大1,000のブロックを実行します。
データが静的にファイルにある場合は、データを変換して load data infile を使用します 最善の方法ですが、似たようなことをしているので、これを求めていると思います。
また、クエリの長さを制限するmax_allowed_packetサイズについて他の誰かが言ったことにも注意してください。