複数のテーブルからのデータの参照

CourseTopics
{
    int TopicId;             // Foreign-Key to Topics.Id

    int CourseContentsId;  -- first of 3-part FK
    int Page;              -- added
    int SNo;               -- added
    PRIMARY KEY(TopicId, CourseContentsId, Page, SNo), -- for JOINing one way
    INDEX      (CourseContentsId, Page, SNo, TopicId)  -- for JOINing the otehr way
}

その間、...

推測 あなたの主な問題がこの一行に具体化されていること：

それは実用的ではありません。解決策は、シングルを使用することです。 Topicの表 およびPage そこから差別化してください。