ActiveRecord where_in（）と配列

渡そうとしている配列は多次元配列です。代わりにこれを試してください：

$ids = array();
foreach ($query->result_array() as $id)
    {
        $ids[] = $id['id'];
    }

$this->db->where_in('id', $ids);

反復なしでquery->result_array（）をフラット化することはできません。ただし、アプリケーションでこの種のクエリを頻繁に処理する必要があり、PHP 5.3がインストールされている場合は、次の関数をCodeigniterヘルパーファイル（または他の適切な場所）に配置して、配列をフラット化するのに役立てることができます。

function flatten(array $array) {
    $return = array();
    array_walk_recursive($array, function($a) use (&$return) { $return[] = $a; });
    return $return;
}

を返します

そしてあなたの場合、それをこのように使ってください：

    $ids = flatten($query->result_array());
    $this->db->where_in('id', $ids);