ファイルが実際にフィールドがコンマで区切られたcsvファイルである場合は、フィールド区切り文字を指定する必要があります。
LOAD DATA INFILE '$file' INTO TABLE $tbl_name FIELDS TERMINATED BY ','
フィールドセパレータを指定しない場合、mysqlはフィールドセパレータをタブ(\ t)と見なします。
ファイルがリターンキャリッジで作成されている場合、Monstly Windowsアプリケーションがそれを行います。また、ステートメントの最後に追加する必要があります。
LINES TERMINATED BY '\r\n'