外部キー制約を組み合わせたmysqldbcopy？

1.3.6リリースでは、関連する可能性のある次のバグが修正されました

BUG#17474810: constraint error copying the employees with mysqldbcopy

より高いもの、現在はバージョン1.6までにアップグレードしてみてください- https://launchpad.net/mysql-utilities