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Webアプリケーションを5日間実行するとパフォーマンスが低下しますが、ボトルネックを特定するにはどうすればよいですか？

VisualVM を使用してみてください -gcの動作、メモリ使用量、ヒープ、スレッド、CPU使用率などを監視できます。これを使用してリモートVMに接続できます。