mysqlimport cmdline-toolはcsvファイルのインポートをサポートしており、IIRCはcsvのさまざまな列をテーブルのさまざまな列にマッピングすることをサポートしています。
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
これは、代わりに使用できるLOAD DATAINFILEsqlステートメントの単なるcmd行ラッパーであることに気付きました。
データを再編成する必要がある場合は、csvフラットを同等のテーブルにインポートし、そこから挿入...選択してください