mySQLについてはよくわかりませんが、MSSQLではクエリの照合を変更できます。たとえば、照合が異なる2つのテーブルがあり、それらを結合したい場合や、状況に応じてクレートUNIONを実行できます
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
もちろん、SQL_Latin1_General_CP1_CI_ASは、「変換」したい照合の例にすぎません
。