結合DQLクエリは次のように記述できます
$em = $this->getContainer()->get('doctrine')->getManager();
$repository = $em->getRepository('YourNamespaceYourBundle:User');
$query = $repository->createQueryBuilder('u')
->innerJoin('u.groups', 'g')
->where('g.id = :group_id')
->setParameter('group_id', 5)
->getQuery()->getResult();
groups
のマッピング User
のプロパティ エンティティは結合部分自体を処理します。DQLクエリでジャンクションテーブルについて言及する必要はありません