長時間実行されるクエリは、設計が不十分であることを示しています。問題のクエリと、それらを最適化する方法を調べるのが最善です。これは問題を無視しているだけです。
それでもこれが必要な場合は、SHOW PROCESSESLISTコマンドを使用して、実行中のすべてのプロセスを取得できます。次に、KILLxを使用してクライアント接続を強制終了します。ただし、これを機能させるには、マルチスレッド化がまだ可能ではないため、別のPHPスクリプトからこれを確認する必要があります。また、PHPの助成金を利用しているユーザーに、サーバーの設定を混乱させることはお勧めできません。