以下のbaldyによる答えは正しいですが、AppPoolで32ビットアプリケーションを有効にする必要がある場合もあります。
ソース：http：//www.alexjamesbrown.com/uncategorized/could-not-load-file-or-assembly-chilkatdotnet2-or-one-of-its-dependencies-an-attempt-was-made-to-load- a-program-with-an-incorrect-format /
ローカルマシン（Vista 64ビットを実行）で実行するようにアプリケーションをセットアップしているときに、次のエラーが発生しました：
ファイルまたはアセンブリを読み込めませんでした
ChilkatDotNet2またはその依存関係の1つ。間違った形式のプログラムを読み込もうとしました。
明らかに、アプリケーションはChilKatコンポーネントを使用しますが、使用しているバージョンは32ビットバージョンのみであるように見えます。
このエラーを解決するために、IISでアプリプールを設定して32ビットアプリケーションを許可します。IISマネージャーを開き、アプリプールを右クリックして、[詳細設定]を選択します（以下を参照）
次に、[32ビットアプリケーションを有効にする]をTrueに設定します。
すべて完了しました！