クエリの解析方法が原因で、SELECTおよびORDERBY以外のエイリアスを参照することはできません。一般的な回避策は、派生テーブルに埋め込むことです。
SELECT
FirstName, LastName, Other,
Flag = CASE WHEN Other IS NOT NULL THEN 1 ELSE 0 END
FROM
(
SELECT FirstName, LastName,
CASE WHEN LastName = 'Jones'
THEN 'N/A'
END AS Other
FROM dbo.table_name
) AS x;