SQL Serverデータベースにauto_increment主キーを追加するにはどうすればよいですか？

1つのコマンドで実行できます。 「自動番号」のIDENTITYプロパティを設定する必要があります：

ALTER TABLE MyTable ADD mytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1) PRIMARY KEY

より正確には、名前付きテーブルレベルの制約を設定するには：

ALTER TABLE MyTable
   ADD MytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1),
   CONSTRAINT PK_MyTable PRIMARY KEY CLUSTERED (MyTableID)

MSDNのALTERTABLEとIDENTITYを参照してください