これは最も効率的ではないかもしれませんが、ストアドプロシージャの結果を保持するための一時テーブルを作成し、それをターゲットテーブルに対する結合で使用します。例:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t