コードファーストマイグレーションを使用してSQLスクリプトを実行できますか？

まず、移行を作成する必要があります。

Add-Migration RunSqlScript

次に、生成された移行ファイルにSQLを記述できます。

// PLAIN SQL
Sql("UPDATE dbo.Table SET Created = GETDATE()");

// FROM FILE
var sqlFile = Path.Combine(AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory, @"Custom.sql"); 
Sql(File.ReadAllText(sqlFile));

次に、実行します

Update-Database