できます!ただし、引用符で囲まれた出力を使用するようにSSMSを特別に構成する必要があります。これは、なんらかの理由でデフォルトではないためです。
保存するクエリウィンドウで [クエリ]->[クエリオプション...]に移動します...
[.csv結果を保存するときにリスト区切り文字を含む文字列を引用する]チェックボックスをオンにします。
次に
select 'apple,banana,cookie' as col1,1324 as col2,'one two three' as col3,'a,b,"c",d' as col4
出力します
col1,col2,col3,col4
"apple,banana,cookie",1324,one two three,"a,b,""c"",d"
それが私たち全員が望んでいることです。