一見したところ、SQL Server Management Studio が名前付きパイプなどの別のネットワーク ライブラリ経由で接続しているのに、sqlcmd クライアントが TCP 経由で接続しようとしていて、サーバーがそこでリッスンしていないように思えます (またはおそらく非標準ポート)。そのため、後者のインスタンスで TCP エラーが発生しています。
一見したところ、SQL Server Management Studio が名前付きパイプなどの別のネットワーク ライブラリ経由で接続しているのに、sqlcmd クライアントが TCP 経由で接続しようとしていて、サーバーがそこでリッスンしていないように思えます (またはおそらく非標準ポート)。そのため、後者のインスタンスで TCP エラーが発生しています。