同じバッチステートメントで新しく追加された列を更新するにはどうすればよいですか

代わりに、alter ステートメントの代わりに動的 SQL を使用してみてください:

DECLARE @SQL NVARCHAR(4000)
SET @SQL='ALTER TABLE [SETTINGS] ADD [COLOR_SCHEME] int NULL'
EXEC(@SQL)