App.configに以下の行を追加して解決しました:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
そしてこれはMachine.configにあります:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
このプロセスには10分以上の非常に長い時間がかかるため、この値をより高い値で上書きする必要があることがわかりました。