アグリゲートは、UPDATEステートメントのセットリストに表示されない場合があります。列名で更新する場合

目的のために変数を宣言してみてください：

DECLARE @Result Decimal(18, 0)
SET @Result = ROUND(SUM(DATEDIFF(ss,'2014-05-15 00:23:04.580','2014-05-15 00:25:04.580') / 60.0 / 60.0), 2)

update CheckInCheckOut 
set CountHours= @Result
where UserId_Fk=3