ここでマイクロソフトから明確な回答を得ました http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 for Web は、新しい Sql Server Data Tools をサポートしていません。データベース プロジェクトを操作するには (古い dbproj から変換するか、新しいプロジェクトを最初から作成する)、Visual Studio 2010 Shell を使用する必要があります。ストアド プロシージャから得たエラーは、SQL スクリプトが正しくインポートされなかったために発生しました。古い dbproj には、SQL スクリプトが任意のフォルダーにありました。解決策は、dbproj から変換したばかりのプロジェクトからすべての SQL スクリプトを除外し、SQL スクリプトを再インポートすることでした。これを行うと、プロジェクトはそれらを認識し、エラーを発生させません。