IN 句内での CASE ステートメントの使用

CASE スカラー値のみを返します。代わりにこれを行うことができます。 (あなたの例によると、@StatusID =99 の場合、StatusID 値 99 は一致しないと想定しています。)

select *
from MyTable
where (@StatusID = 99 and StatusID in (5, 11, 13))
    or (@StatusID <> 99 and StatusID = @StatusID)