アプリケーションでのみデータベース クエリが遅くなるのはなぜですか?

パラメータのスニッフィングが疑われます。

set が異なるため、アプリケーションの接続に使用されるキャッシュされた実行計画は、おそらく SSMS 接続では使用できません。

以下のクエリを使用して、ストアド プロシージャのキャッシュされたプランを取得できます。次に、それらが異なるかどうかを比較します (たとえば、遅い方がインデックス シークを実行し、他の方がスキャンを行う場所でブックマーク ルックアップを行っているか?)

Use YourDatabase;

SELECT *
FROM sys.dm_exec_cached_plans 
CROSS APPLY sys.dm_exec_sql_text(plan_handle) 
CROSS APPLY sys.dm_exec_query_plan(plan_handle) 
cross APPLY sys.dm_exec_plan_attributes(plan_handle) AS epa
where sys.dm_exec_sql_text.OBJECTID=object_id('YourProcName') 
         and attribute='set_options'