PSQLスクリプト（bashスクリプトから供給）の変数として外部XMLファイルにアクセスする

OK、これが私の解決策です。

Persagen.comブログに詳細な回答を投稿します。

基本的に、私はDO $$DECLARE ...を廃止することにしました。以下の簡略化されたアプローチを支持するアプローチ（SO 49950384で説明）。

その後、BASH / PSQL共有変数:bash_varにアクセスできます。、したがって：

xpath('//metabolite', XMLPARSE(DOCUMENT convert_from(pg_read_binary_file(:'bash_var'))))

これは、その使用法を示すサンプルSQLスクリプトです。

hmdb.sql

\c hmdb

CREATE TABLE hmdb_identifiers (
  id SERIAL,
  accession VARCHAR(15) NOT NULL,
  name VARCHAR(300) NOT NULL,
  cas_number VARCHAR(12),
  pubchem_cid INT,
  PRIMARY KEY (id),
  UNIQUE (accession)
);

\echo '\n[hmdb.sql] bash_var:' :bash_var '\n'

-- UPDATE (2019-05-15): SEE MY COMMENTS BELOW RE: TEMP TABLE!
CREATE TEMP TABLE tmp_table AS 
SELECT 
  (xpath('//accession/text()', x))[1]::text::varchar(15) AS accession
  ,(xpath('//name/text()', x))[1]::text::varchar(300) AS name 
  ,(xpath('//cas_registry_number/text()', x))[1]::text::varchar(12) AS cas_number 
  ,(xpath('//pubchem_compound_id/text()', x))[1]::text::int AS pubchem_cid 
-- FROM unnest(xpath('//metabolite', XMLPARSE(DOCUMENT convert_from(pg_read_binary_file('hmdb/hmdb.xml'), 'UTF8')))) x
FROM unnest(xpath('//metabolite', XMLPARSE(DOCUMENT convert_from(pg_read_binary_file(:'bash_var'), 'UTF8')))) x
;

INSERT INTO hmdb_identifiers (accession, name, cas_number, pubchem_cid)
  SELECT lower(accession), lower(name), lower(cas_number), pubchem_cid FROM tmp_table;

DROP TABLE tmp_table;

SQLスクリプトノート：

xpathステートメントで、::textを再キャストしました（例：::text::varchar(15) ）Postgresテーブルスキーマごと。
さらに重要なことに、私がしなかった xpathステートメントとフィールドエントリのデータ型を再キャストします（例：name 長さ）がSQL varchar(300)を超えました長さの制限により、これらのデータはPSQLエラーをスローし、テーブルは更新されませんでした（つまり、テーブルが空白になります）。

この回答で使用したXMLデータファイルをこの要点にアップロードしました

https://gist.github.com/victoriastuart/d1b1959bd31e4de5ed951ff4fe3c3184

直接リンク：

hmdb_metabolites_5000-01.xml
hmdb_metabolites_5000-02.xml
hmdb_metabolites_5000-03.xml
出典：HMDB.ca
- 引用

更新（2019-05-15）

研究ブログの投稿「プレーンテキストをPostgreSQLにエクスポートする」で詳しく説明されている後続の作業では、一時テーブルを使用するのではなく、XMLデータをPostgreSQLに直接ロードします。

TL/DR。 そのプロジェクトでは、次のような改善が見られました。

Parameter | Temp Tables  | Direct Import | Reduction
    Time: | 1048 min     | 1.75 min      | 599x
   Space: | 252,000 MB   | 18 MB         | 14,000x