データ挿入後にインデックスを作成する方が効率的です(バッチインポートの前とインポート後にインデックスを再作成することをお勧めします)。
Synteticの例(PostgreSQL 9.1、開発が遅いマシン、100万行):
CREATE TABLE test1(id serial, x integer);
INSERT INTO test1(id, x) SELECT x.id, x.id*100 FROM generate_series(1,1000000) AS x(id);
-- Time: 7816.561 ms
CREATE INDEX test1_x ON test1 (x);
-- Time: 4183.614 ms
インデックスを挿入して作成します-約12秒
CREATE TABLE test2(id serial, x integer);
CREATE INDEX test2_x ON test2 (x);
-- Time: 2.315 ms
INSERT INTO test2(id, x) SELECT x.id, x.id*100 FROM generate_series(1,1000000) AS x(id);
-- Time: 25399.460 ms
インデックスを作成してから挿入します-約25.5秒(2倍以上遅い)