解決策は、デバッグモードを無効にすることです。
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私がこれが起こるのを見た別の状況があります。自律的に実行されるコードがある場合（つまり、HTTPトランザクションの一部ではない場合、Flaskアプリの起動時に開始されて生成される独立したスレッドのように）、通常はスリープが発生します。スリープ前にセッションにアクセスすると、スリープ中にこのようなトランザクションがハングすることになります。
もう1つの可能性は、アプリの作成機能からセッションにアクセスしていることです。その場合は、必ず.remove（）を実行してください。そうしないと、そのセッションがgeventアプリのメインスレッドでハングしたままになる可能性があります。