autocommitを設定できると思います Flask-SQLAlchemyでこれを行う：
from flask.ext.sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})
編集：「flask.ext。」フォームは非推奨になりました（こちら を参照） ）
from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})