redditの/r/flaskで答えを見つけたようです。
http://www.reddit.com/r/flask/comments / 1glejl / alembic_autogenerate_column_changes / cale9o0
env.pyの「run_migrations_online」関数内のcontext.configure（）パラメーターに「compare_type=True」を追加するだけです。
context.configure(
connection=connection,
target_metadata=target_metadata,
compare_type=True
)