SqlalchemyがWHERE句をFROMに複製しました

解決策を見つけました！

func.array(select([T2.id]).where(T2.box.op('&&')(box)).as_scalar())

as_scalar（）を追加した後 私の選択では、すべてのIDが1つの配列に含まれている必要があるためです。