これはかなり古い質問だと思いますが、ここで終わる可能性のある他の質問については、セッションファクトリを設定するときに、カスタムの命名戦略を実装することもできます。
Fluently.Configure(new Configuration()
.SetNamingStrategy(new CustomNamingStrategy()))...
CustomNamingStrategyで、インターフェースNHibernate.Cfg.INamingStrategyを実装し、すべてのメソッドについて、基本的にパラメーターを引用符で囲んで返します。