コメントが言ったように、あなたはfragment/1を使うことができます ：
query = from t in <Model>, select: fragment("SUM(CASE WHEN status = ? THEN 1 ELSE 0 END)", 2)
テーブルを指定したい場合、これは私にとってはうまくいきます：
query = from t in <Model>, select: fragment("SUM(CASE WHEN ? = ? THEN 1 ELSE 0 END)", t.status, 2)