テーブル間の差分を高速化するにはどうすればよいですか？

上記のステートメントでは、インデックスを使用していません。

次のようなことができます：

SELECT * FROM tableA a
  FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID

次に、同じステートメントを使用して、値が欠落しているテーブルを表示できます

SELECT * FROM tableA a
  FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID
  WHERE ISNULL(a.someID) OR ISNULL(b.someID)

これにより、テーブルAまたはテーブルBで欠落していた行が表示されます