sqlalchemyのポイントタイプ？

geoalchemy2 を使用できます whisはsqlalchemyの拡張機能であり、flask-sqlalchemyでも使用できます。

from sqlalchemy import Column
from geoalchemy2 import Geometry
# and import others

class Shop(db.Model):
    # other fields
    coordinates = Column(Geometry('POINT'))