非正規化テキストファイル1から正規化テーブルを作成するにはどうすればよいですか？

gnu awkの使用 （RSによる）

awk '{$1=$1} NR%2==1 {printf "%s,",$0} NR%2==0' RS="[,\n]" file
XXXXXXXXXX,YYYYYYYYYY
TTTTTTTTTTT,UUUUUUUUUU
RRRRRRRRR,JJJJJJJJJ
111111111111,22222222222
333333333333,44444444
5555555,666666
EEEEEEEE,WWWWWW
QQQQQQQ,PPPPPPPP

{$1=$1} 余分なスペースをクリーンアップして削除します
NR%2==1 {printf "%s,",$0} 奇数部分を印刷します
NR%2==0 部分と改行も出力します
RS="[,\n]" レコードを,に設定します または改行